Museets arkiv omfattar olika serier:
A. Släktarkiv, gårdsarkiv, affärsarkiv från staden Hudiksvall.
B. Som ovan, men från socknar och städer i Hälsingland utom Hudiksvall.
C. Släktarkiv, gårdsarkiv, affärsarkiv utanför Hälsingland.
D. Uppteckningar, samlingar och klipparkiv.
Industri- och hantverksarkiven från Hudiksvall omfattar bland annat det relativt omfattande:
Högberg/Dahlbomska handelsarkivet. Vilket innehåller kontoböcker, brevkopieböcker, avräkningsböcker, privata handlingar, period: 1801–1885. Samt en rad smärre arkiv från olika handlanden, hantverkare, från Fiskarsocieteten, tidningar och olika fabrikörer.
Gårdsarkiven kommer från olika socknar i Hälsingland och innehåller enstaka handlingar från 1600-tal och äldre, men merparten från 1700- och 1800-talen.
Brandstodsaktiebolagets handlingar är ett mycket omfattande arkiv som omfattar Hälsinglands alla socknar. Tidsperiod från ca 1850 till 1940.
De olika person- och släktarkiven ger en varierad bild av Hudiksvalls borgerliga familjer under 1800-tal fram till ca 1940. Arkiven från släkterna Rodenstam, Berg, Lindegren är några och representativa exempel på detta material.
Kart- och ritningsarkivet innehåller äldre stadskartor av Hudiksvall, spridda bykartor från skiftesreformerna, generalstabskartor och diverse annat kartmaterial.
Klipparkivet omfattar hela Hälsingland, men tyngdpunkten ligger på Hudiksvalls stad. Det innehåller klipp ur lokal tidningspress, spridda klipp från 1950-talet, systematiska urklipp från och med 1972 och framåt. Ämnesordnat i ca 500 arkivkartonger. Dessutom finns tidningslägg, inbundna tidningsårgångar från 1880-talet till 1960-talet. Spridda årgångar med luckor av olika lokala dagstidningar som Hudiksvalls Posten, Hudiksvalls Nyheter, Hudiksvalls Tidning. Även spridda årgångar av tidskrifter, exempelvis Hvar 8 dag.